ไม่มีระบบการจบการศึกษาแบบเดียวที่ครองตลาด
ภาคส่วนโรงเรียนนานาชาติในญี่ปุ่นมีความหลากหลายด้านหลักสูตรมากกว่าที่จะเป็นมาตรฐานเดียว International Baccalaureate เป็นหลักสูตรที่มีให้บริการอย่างแพร่หลายที่สุด ปรากฏทั้งในโรงเรียนนานาชาติและโรงเรียนญี่ปุ่นบางแห่งที่เปิดแนวทางการศึกษานานาชาติ โรงเรียนที่ใช้รูปแบบอังกฤษมักใช้ Cambridge International รวมถึง IGCSE และ International AS/A Level ควบคู่กับ Pearson Edexcel ที่มีอยู่ในสัดส่วนที่น้อยกว่า โรงเรียนที่ใช้รูปแบบอเมริกันมักดำเนินตามรูปแบบวุฒิมัธยมปลายของสหรัฐฯ ซึ่งมักเสริมด้วยวิชา Advanced Placement นอกจากนี้ยังมีหลักสูตรของแคนาดา อินเดีย ฝรั่งเศส เยอรมนี Montessori, IPC และหลักสูตรผสมระหว่างญี่ปุ่นและนานาชาติแบบสองภาษา กระทรวงศึกษาธิการของญี่ปุ่นให้การยอมรับ IB และ GCE/International A Level ว่าเป็นวุฒิที่ตรงตามเงื่อนไขการเข้ามหาวิทยาลัย และ International A Level ของ Cambridge ได้รับการยอมรับให้มีสิทธิ์เข้าศึกษาต่อในมหาวิทยาลัยตั้งแต่เดือนมิถุนายน 2024 อย่างไรก็ตาม การยอมรับในระดับกระทรวงไม่ได้หมายความว่ามหาวิทยาลัยทุกแห่งจะปฏิบัติต่อวุฒิการศึกษาเหล่านี้เหมือนกัน แต่ละสถาบันและหลักสูตรกำหนดเงื่อนไขด้านวิชา คะแนน ภาษา และเกณฑ์การคัดเลือกของตนเอง ดังนั้นผู้ปกครองควรตรวจสอบเงื่อนไขปัจจุบันของมหาวิทยาลัยที่ตั้งเป้าไว้ก่อนเลือกแนวทางการศึกษาระดับมัธยมปลาย







